As farmácias portuguesas são as mais mal remuneradas da Europa. Em média, as farmácias portuguesas ganham menos 22,3% do que as farmácias dos outros países europeus, de acordo com a estatística oficial da EFPIA - Federação Europeia da Indústria Farmacêutica, relativa a 2016.
O serviço farmacêutico é mais barato em Portugal. Já antes da crise as farmácias portuguesas praticavam as margens mais baixas da Europa, a par da Roménia. O fosso agravou-se nos últimos anos.
Os números mais recentes do Instituto Nacional de Estatística (INE) revelam que a despesa das famílias com a saúde tem aumentado, mas as farmácias são uma excepção. A despesa corrente das famílias em saúde aumentou 2,7% em 2014. O INE prevê que, em 2015, se registe uma nova subida de 2,4% neste indicador. Já a despesa das famílias em farmácias tem recuado de forma significativa. Os portugueses gastaram nas farmácias, em 2014, 24,4% do seu orçamento para a saúde quando, em 2004, a despesa correspondia a 35,7%.
A margem média da farmácia na Europa é agora de 21,9%, em Portugal é de apenas 17%.
Esta disparidade colocou em risco a sustentabilidade do sector. No total, 553 farmácias enfrentam processos de penhora ou insolvência, o que corresponde a 18,8% da rede portuguesa. A falta de liquidez é uma das explicações para a dificuldade de aviar receitas médicas sentidas pelos portugueses. No último ano, foi detectada a falta de 51 milhões de embalagens de medicamentos no momento da dispensa.